今、思えば単純なことなのですが私は気付かずに子テーマのソースをいじってメニューを非表示にしています。
正しくは、初期状態のThematicテーマは固定ページをメニューとして表示するので、それを削除するか非公開にすればメニューは非表示になります。
ちなみにホームや任意のページをメニューに表示したい場合の手順は以下の通りです。
WordPressの管理画面左側のメニューで外観をクリック→現在のテーマのメニューをクリックまたは外観の下に表示されるメニューをクリック
作成したいメニューの名前を入力してメニューを作成をクリック（メニューの名前は管理用でどこかに表示されたりはしません）
カスタムリンクでメニューに追加したいURLとラベルを入力してメニューに追加をクリック
テーマの場所のPrimary Menuで追加したメニュー名を選択して保存をクリック
最後に追加した新しいメニューのメニューを保存をクリック
サイトを表示させるとメニューがホームのみになります。同様の手順で任意のページへのリンクをメニューに追加出来ます。
また固定ページとカテゴリーをメニューに追加することも出来ます。追加したら最後にメニューを保存を忘れないで下さい。
以上、Thematicテーマとはあまり関係ありませんがメニューについてでした。