下記のページご覧下さい。またまた補足のみです。
KUSANAGIの初期設定 | KUSANAGI
http://kusanagi.tokyo/document/kusanagi-init/
「4. ユーザーパスワードの設定」について
ここでkusanagiというユーザーのパスワードを設定します。このkusanagiのホームディレクトリの下に、後ほどWEBサーバーのドキュメントルートが設定されてWordPressがインストールされることになります。
このおかげでkusanagiでSFTP接続してまるでレンタルサーバーの様にファイルをいじれます。自分でWEBサーバーをインストールしてみて分かったのですが、ファイルの所有者で悩まされるのです、初心者の頃……今もなんですが。
「5. 鍵認証の設定」について
ユーザーkusanagiの秘密鍵作成です。書いてある通り/rootにkusanagi.pemができますので、どうにかしてダウンロードして下さい。開いてコピペでも大丈夫です。
特に説明もありませんが、仮想マシン作成時に設定したSSH Keyがkusanagiメンバーのauthorized_keysにも設定されてました。ですので上記の秘密鍵を使わなくても鍵認証でログイン可能です。（2016.2.3追記）
さぁ、これでkusanagiでパスワードでも鍵認証でもログインできるようになりました。あとは必要に応じてセキュリティを高めて下さい。ちなみにkusanagiはsudoは出来ませんでした。うっかりrootのsshログインを禁止すると、IDCFクラウドの管理画面のコンソールからの操作を余儀なくされるかと思います（未確認）。
rootのパスワードは仮想マシン作成時に届くメールに書いてありますよ！知らないと私みたいにヘマしてsshログインできるユーザーがいなくなった時に途方にくれます。