Git for Windowsをデフォルトのインストール先のまま、またはパスを通す設定にしてないと、もしかしたら駄目かもしれません。
今回はVisual Studio Team Servicesにあるリポジトリのclone、pullおよびpushを確認しましたが、GitHubもいけると思います。
Windowは10のHome、Sublime Text 3は最新、Gitは2.15.1の状態です。
それでは、Package ControlのInstall PackageでGitをインストールしてください。
続いて、エクスプローラーでユーザーフォルダを開いてください。アドレス欄に %HOMEPATH% を入力、エンターでも開きます。
開いたら .sshフォルダに秘密鍵ファイル id_rsa をコピーしてください。（無かったらコマンドプロンプトから作ってください。）
これでVisual Studio Team Servicesの公開鍵とあってればcloneできるはずです。適当なリポジトリを作って、Command PaletteでGit: Custom Commandで……すみません、Sublime Text 3のGitプラグインではcloneは無理でした。コマンドプロンプトかGit Bashを開いて、適当なディレクトリに移動して、下記を実行してください。
git clone ssh://your-account@vs-ssh.visualstudio.com:22/your-project/_ssh/your-project
成功すると魚かラッパ？みたいなアスキーアートが表示されます。これでクローンしたリポジトリでは問題なくpush、pullできると思います。
続きまして、秘密鍵を変更する方法です。
Command PaletteでGit: Custom Commandを選択、下記のコマンドを実行してください。コマンド中の~は上記ユーザーフォルダを意味します。もちろん全てのコマンドはGit Bashで実行しても同様です。
config –local core.sshCommand “ssh -i ~/.ssh/id_rsa_new -F /dev/null”
これでCommand PaletteでGit: PullまたはGit: Pullすると下記のエラーが表示されると思います。
Warning: Identity file /c/Users/your-name/.ssh/id_rsa_new not accessible: No such file or directory.
これで秘密鍵ファイルの指定はできていますので、とりあえず id_rsa を id_rsa_new にリネームして再度Pull、Pushできるか試してみてください。
長々と書きましたが、Git for Windowsで秘密鍵ファイルを指定する方法ですな……